ACHTUNG: Dieser Trick funktioniert spätestens unter macOS High Sierra nicht mehr. Hier der neue Weg zur Lösung des Problems.

Wenn Mail.app sich irgendeinmal im Laufe der Zeit entscheidet, neu erstellte IMAP-Ordner nicht alphabetisch in die Ordnerstruktur einzureihen, sondern einfach an das Ende der Ordnerliste stellt, ist es Zeit für diesen kleinen Trick:

The solution is to disable the associated account in Mail Preferences, Quit Mail, restart Mail and then enable to account again.

Quelle: Mac Mail not automatically sorting mailbox folders alphabetically

Auf Gut Deutsch: Das besagte IMAP-Konto unter den Einstellung auf Inaktiv setzen, Mail.app beenden und neu starten.

Bei mir fügte diese Aktion leider dazu, dass das Mail-Konto selber an den Schluss meiner fünf Mailkonten gestellt wurde. Ich musste das Spiel deshalb anschliessend noch mit allen anderen Konten durchführen.