imapfilter funktioniert bei mir wunderbar, um in meiner INBOX eintreffende Mails automatisiert in Unterordner zu verschieben.

Dann und wann bricht das per Cron aufgerufene Script seine Arbeit aber ab, weil das Zertifikat des Mail-Servers gewechselt wurde:

imapfilter: certificate mismatch in non-interactive mode

imapfilter muss in einem solchen Fall interaktiv gestartet und das neue Zertifikat permanent akzeptiert werden.

Wen dieses Verhalten stört und die eindeutige Identifikation seiner Gegenseite weniger wichtig ist als ein sauber durchlaufendes Script, fügt oben an seine imapfilter-Regeln folgende Zeile ein:

...
options.certificates = false
...

Quelle: Ignore certificate fingerprint mismatch

Ich habe das bei mir nur für ein kaum genutztes Gmail-Konto aktiviert.

Das Problem könnte mit den hier geschilderten zwei gleichzeitig aktiven, unterschiedlichen Gmail-Zertifikaten zusammenhängen.