Man bemächtige sich der Sourcen von fdupes, kompiliere diese, lege das Binary im Ordner /usr/local/bin ab (oder in einem anderen, bevorzugten Ordner) und führe fdupes dann im gewünschten Verzeichnis mit den doppelten Dateien aus:
$ fdupes -r .
Wenn man noch die Option -d dran hängt, kann man überzählige Dateien gleich löschen lassen (keine Angst; jeder Löschvorgang benötigt die Bestätigung durch den Benutzer):
$ fdupes -r -d .
(Profis werden sich mit xargs etwas basteln, um den Löschvorgang zu automatisieren)
